Le Bureau est le plus récente des d'interventions de l'ONU remontant à l'accord d'Arusha du 28 août 2000 et visant toutes à établir une paix et une stabilité à long terme dans le pays.

Comme tout autre accord de paix, la mise en œuvre de l'Accord de paix et de réconciliation d'Arusha n'a pas été sans heurts, d'où la succession de missions de l'ONU visant à soutenir le processus et à maintenir le Burundi sur la voie de la paix.

L’Opération des Nations Unies au Burundi (ONUB) a été la première et la plus robuste de ces opérations en termes de personnel militaire et d’appui. Il s’est déployé en 2004 principalement pour éviter une rechute dans les combats et pour que l’Accord de paix d’Arusha soit respecté. Néanmoins, des hostilités ont persisté entre le CNDD-FDD au pouvoir et le groupe des FNL d'opposition, et lorsque les deux parties ont finalement accepté de mettre fin aux hostilités en 2006, l'ONU a également reconfiguré son déploiement sur le terrain.  L'ONUB a été remplacé par le Bureau intégré des Nations Unies au Burundi (BINUB).

Un autre changement de garde a eu lieu en 2011 lorsque le BINUB a confié la surveillance du processus de paix au Bureau des Nations Unies au Burundi (BNUB). Tout en préconisant le dialogue et la réconciliation nationale, le BINUB visait principalement à renforcer les institutions de l’État et à promouvoir les droits de l’homme et l’état de droit.

En décembre 2014, le BNUB a fermé son atelier, cédant la place à la Mission d'observation électorale des Nations Unies au Burundi (MENUB). Cette mission d’observation d’une durée d’un an a été déployée à la demande des autorités burundaises pour appuyer et surveiller les élections générales de 2015 dans le pays.

OSESG-B

Depuis la forte présence de l’ONUB en 2004 avec un effectif de plus de 6500 personnes (militaires et civils confondus), les déploiements successifs de l’ONU au Burundi s’étaient réduits en 2015 à une mission d’observation des élections de 72 membres. Et dans une certaine mesure, le recul était un indice de la confiance internationale dans les gains obtenus en vertu de l’Accord d’Arusha. Sous le regard de la communauté internationale, le pays a bouclé une décennie sans retomber dans un conflit de grande ampleur.

Néanmoins, la paix au Burundi est restée fragile. À peine quatre mois se sont écoulés après le départ du BNUB lorsque les violences électorales de 2015 ont éclaté. Et ce n’est qu’à la mi-2018 que des milliers de personnes qui ont fui la tourmente ont commencé à revenir, et en très petit nombre, toujours incertaines de la situation dans leur pays.

Encore une fois, le Conseil de sécurité des Nations Unies a mis tout son poids dans les efforts de médiation du conflit déployés par la Communauté de l'Afrique de l'Est (CAE). La résolution 2248 (novembre 2015) a entériné la décision du Secrétaire général de nommer un conseiller spécial sur la prévention des conflits qui collaborerait avec le gouvernement et les parties prenantes pour soutenir un dialogue inclusif inter-Burundais, et d'autres efforts visant à instaurer et maintenir la paix dans le pays.

Cinq mois plus tard, la résolution 2279 (avril 2016) a chargé le Bureau du Conseiller spécial pour la prévention des conflits d’apporter un appui technique et fonctionnel au dialogue inter burundais, en coordination avec le médiateur et le facilitateur désignés par la CAE et approuvés par l’Union africaine (AU).

Vient ensuite la résolution 2303 de juillet 2016, soulignant à nouveau le caractère inclusif du dialogue et chargeant le Bureau de l'Envoyé spécial du Secrétaire général (OSESG) de fournir un appui technique et technique au processus.

Il est à noter que la résolution a également appelé au déploiement d'une force de police de l'ONU forte de 228 hommes pour surveiller la sécurité et soutenir les opérations des Nations Unies dans le pays.

Il a également mandaté OSESG-B à s’engager avec toutes les parties prenantes, y compris le gouvernement, l’opposition, les partis politiques, la société civile, les chefs religieux et autres. Le bureau été mandaté à travailler avec toutes les parties pour maitre en place des mesures de confiance afin d’améliorer la situation des droits de l’homme et de la sécurité, et de créer un environnement propice au dialogue politique.